離子阱與四級桿是不同的質量分析器.離子阱重定性,可得到多級碎片,從而推導結構,常用于未知化合物結構推導,全掃描靈敏度很高,可超過TOF.四級桿或三重四級桿重定量,全掃描靈敏度低大約10到100個數量級,但是在選擇離子掃描模式下靈敏度很高從而用于已知化合物定量,常用于農殘、獸殘、血藥濃度測定.
