其發病原因與上頸椎不穩癥不同，上頸椎不穩癥的發病以先天性因素為主，而在下頸椎不穩癥，后天性因素則起著更為重要的作用。
1.退行性變
自機體生長發育停止后即開始退行性變過程，意味著各組織將朝著推動自身形態與功能退化的方向發展。
2.外傷與勞損
頭頸部的突發性外傷與頸部的慢性勞損均可引起椎節不同程度的松動與失穩，尤其是當外力引起椎節超限活動時，椎節韌帶易出現撕裂征，并可直接引起與頸椎退變早期或中期相類似的后果，尤其是椎節移位明顯及椎管狹窄者。
3.咽喉部炎癥
主要是咽喉局部及上呼吸道的炎性反應很容易引起椎節周圍韌帶及關節囊的松弛，以致加重椎旁肌肉受累，導致肌肉無力，從而可以更進一步地加劇頸椎的不穩。
4.其他
包括頸椎的先天性畸形、在治療中過度的大重量持續牽引、不恰當的手法操作、不適當的頸部鍛煉以及其他凡是可以引起頸部肌肉萎縮的傷患等，均可引起或加重頸椎的失穩。