亞麻酸作為常見脂肪酸，其合成與分解代謝途徑均屬于初生代謝的范疇，在脂類代謝中占據核心位置，即在合成代謝中依賴乙酰CoA為底物脂肪合成酶為主要酶類來實現；在分解代謝中依賴脂肪酸的β-氧化最終形成乙酰CoA。
在非貯藏組織，尤其是植物葉片中，亞麻酸作為膜脂脂肪酸的主要成分之一，其合成被置于優先地位。同時，由于其分解產物之一茉莉酸（Jasmonic Acid，JAs）是重要的植物生長調節物質，因此其分解代謝也經常處于活躍狀態。
在貯藏組織，如種子子葉或胚乳中，亞麻酸的合成具有比較典型的種間差異性。亞麻酸因為雙鍵較多，故其貯存能量（熱值）明顯低于同長度飽和脂肪酸，故此，在絕大多數植物中，亞麻酸不作為主要貯存脂肪酸而存在，其相應的合成尤其是其去飽和的反應也就處于較低水平。但在-些特殊類群中，如亞麻Linum usitatissimum、杜仲等植物的種子發育過程中亞麻酸合成代謝卻處于十分活躍的狀態。因此，這些植物也是主要的亞麻酸植物資源的主體。
合成代謝
亞麻酸的合成代謝在脂肪烴鏈的起始與延長上與其他飽和脂肪酸一致。在植物體內，均以丙酮酸及其脫羧所產生的乙酰CoA起始，并在脂肪合成酶作用下以2碳單位依次增加鏈長。不同的是，亞麻酸所含三個雙鍵的生物合成必須依賴于在質體膜和內質網膜上脫氫酶的去飽和作用（ desaturation）而形成，其合成概況如圖《合成代謝》所示。以下從亞麻酸合成的起始、延長與去飽和等幾個階段詳述亞麻酸的合成代謝過程。