高效液相色譜是一種分析方法，制備色譜是一種分離純化手段。高效液相色譜把普通的色譜柱換成制備柱，就是制備液相色譜，兩者的區別在于一種以分析為目的，追求的是檢測精度，樣品承載量非常小；制備色譜以分離純化為目的，它追求的是樣品承載量，檢測精度很低，檢測只用作鑒別即可。另外，制備色譜不僅可以用高效液相，還可以用氣相色譜、薄層色譜、層析柱等多種載體，目前主流的制備色譜是高速逆流色譜（ high-speed countercurrent chromatography ，HSCCC ）。
