代謝性皮膚病預后與其累及其他系統的情況有關。黃瘤病預后良好，可好轉和治愈，但有復發可能。類脂蛋白沉積癥在童年期呈進行性發展，到成年自然靜止，經積極治療總體預后好。朗格漢斯細胞組織細胞增生癥患者如早于2歲發病、病變廣泛及發生器官衰竭則預后不良，其中萊特勒-西韋病病情最重，可迅速進展導致多器官衰竭或繼發感染引起患者死亡。幼年黃色肉芽腫皮疹多在1～2歲自行消退，預后好。卟啉病中遲發性皮膚卟啉病經治療卟啉下降后可逐漸好轉，紅細胞生成性原卟啉病可持續終生，少數發生嚴重肝病甚至死亡。淀粉樣變多預后良好，原發系統性淀粉樣變預后差，可因心力衰竭和腎衰竭致死。硬腫病預后多良好，0.5～2年可自行消退，伴糖尿病者病程長。糖尿病性皮膚病預后各不相同，糖尿病性皮病及糖尿病性大皰可自行消退，糖尿病性皮膚增厚中關節活動受限和硬皮病樣綜合征可通過嚴格控制血糖減少發生和減輕癥狀。黏蛋白病局限型預后一般良好，合并系統病變者預后差。黏多糖病輕癥者可存活至成年乃至正常壽命，重癥者可在10歲前死于系統病變。