DNA重組技術使得獲取大量純抗原分子成為可能。這與以病原體為原料制備的疫苗相比在技術上發生了革命性變化，使得質量更易控制，價格也更高。從效果來看，有些亞單位疫苗，如非細胞百日咳、HBsAg等，在低劑量就具有高免疫原性；而另外一些疫苗的免疫力則較低，要求比鋁鹽更強的佐劑。
肽疫苗通常由化學合成技術制造。其優點是成分更加簡單，質量更易控制。但隨著免疫原分子量和結構復雜性的降低，免疫原性也顯著降低。因此，這些疫苗一般需要特殊的結構設計、特殊的遞送系統或佐劑。
