要求盡可能了解疾病的病因和誘因、發病機制的主要環節、發展階段和具體病情。代謝病常具有特殊的癥狀和體征，是提供診斷的首要線索，須進行詳細的病史詢問和體格檢查。實驗室檢查是確診依據，對臨床前期患者更有價值，例如有些無癥狀的糖尿病患者可通過檢測血糖而確診。除常規檢查外，可根據擬診線索進行有關特殊檢查。對一些不明原因的癥狀和體征應進行隨訪觀察。 [1]
（一）病史
詢問癥狀的發生、發展和相互關系，并從現病史和個人史中了解發病因素、病理特點、每日進食情況等。必要時作詳細的家系調查。
（二）體格檢查
需注意發育和營養狀態、體型和骨骼、神經精神狀態、智能、毛發、皮膚、視力和聽力、舌、齒、肝、脾以及四肢等。
（三）實驗室檢查
1.血、尿、糞和各項生化檢查以及激素、物質代謝的正常或異常產物等。
2.溶血及凝血檢查
如血紅蛋白電泳、凝血因子檢查等，主要用于遺傳性血液病的鑒別診斷。
3.代謝試驗
如糖耐量試驗，氮平衡試驗，水、鈉、鉀、鈣、磷平衡試驗等。
4.影像學檢查
骨密度測定、CT和MRI等。
5.組織病理和細胞學檢查以及細胞染色體、酶系檢查等。
6.血氨基酸分析
診斷氨基酸異常所引起的先天性代謝病。
7.基因診斷（分子診斷）
診斷遺傳性代謝病。