利什曼原蟲與錐蟲同屬一個科，即錐蟲科。目前，已報道具致病性的利什曼原蟲多達16種或亞種。利什曼原蟲隨著生活史的不同階段而表現出不同的形態。按其生活史的共同特點有前鞭毛體和無鞭毛體兩個時期，前鞭毛體寄生在無脊椎動物的消化道內，其宿主為白蛉。無鞭毛體寄生在脊椎動物的網狀內皮細胞內，其宿主為哺乳類和爬行類動物。
前鞭毛體呈圓形或卵圓形，無游離鞭毛。蟲體內有一較大的圓形核和棒狀動基體，在動基體和核間可偶見空泡。前鞭毛體體形狹長，大小為15～20×1.5～3.5μm。動基體在核的前端，并由此伸出一條鞭毛作為運動器官。無鞭毛體呈卵圓形或圓形，蟲體卵圓形，大小為1.5～3×2.5～6.5μm。無鞭毛體多見于感染動物的巨噬細胞內，但在涂片上常因巨噬細胞破裂而游離于細胞外，有時可散落于紅細胞上。