患者的預后取決于營養不良的程度，發病的時間，有無合并癥以及治療是否得當。疾病發病愈早，程度愈重且合并感染者預后越差。胎兒期營養不良其后果可延續到嬰兒期乃至終身；不僅影響到體格生長還可影響到日后小兒的認知及行為。本病預后相對比惡性營養不良為好，住院病死率約在1%～2%。年長兒稍高，恢復較慢。嬰幼兒時期患營養不良性消瘦，若持續數月以上，可留下遠期不良后果，如身材矮小和大腦生長發育受影響。
