確定診斷有一定困難，應與先天性免疫缺陷病和其他原因引起的免疫缺陷相鑒別：
1.先天性感染和先天性免疫缺陷
新生兒AIDS不易和某些先天性感染和先天性免疫缺陷相鑒別。
2.不表現為機會性感染
新生兒AIDS常不表現為機會性感染，但具有經肺活檢證實的PLH∕LIP的患兒只要其HIV及HIV抗體陽性就可診斷為AIDS，將未作肺活檢的患兒歸納為AIDS-RC（AIDS -related complex，艾滋病相關綜合征）。
