IBS病因尚不明確。目前認為與以下因素有關。
精神、神經因素
IBS患者精神心理異常的出現率明顯高于普通人。有研究表明，精神緊張可以改變腸道的mmc，精神刺激對IBS病人比正常人更易引起腸動力紊亂。現代神經生理學認為IBS患者的腸道對于張力和多種刺激的敏感性增加。但這究竟是由于腸壁神經叢及其感受器或傳入神經通路上的異常，還是中樞神經系統對腸道的調節異常目前還不明確。另外有研究發現應激可引起大鼠功能性結腸動力紊亂，同時發現應激后一些胃腸道激素的釋放增加，說明神經內分泌的調節參與應激所引起的腸功能紊亂反應過程。以上精神、神經因素與IBS的關系，支持目前認為IBS是屬于身心疾病類胃腸病的觀點。
腸道刺激因素
腸道內某些因素可能改變腸功能，加重原有的易激結腸。這些刺激因素包括外部的食物、藥物、微生物等，也可能包括消化過程中所產生的某些內部物質。有實驗發現腔內抗原激發致敏的鼠腸道可明顯誘導鼠腸道收縮活動和產生腹瀉。有分析認為，當某些刺激物多次作用于腸道時，可能改變腸道的感覺運動功能以及對于刺激的敏感性，從而使腸管產生“易激性”。有報道IBS病人回腸對灌注膽汁酸的分泌作用非常敏感，但可能未被診斷為膽汁酸吸收不良。短鏈或中鏈脂肪酸在吸收容量受限或在小腸內快速運轉等的病人中可能到達右半結腸，引起右半結腸出現快速通過的高壓力波，這些波極有效地推進結腸內容物并可能引起疼痛和腹瀉。這些腸道刺激物在IBS中是誘因還是病因目前尚未定論。