1、制霉菌素
（1）局部用藥：可制成油劑、霜劑、粉劑、溶液等，濃度為含制霉菌素10萬U/g或/ml基質，依患者具體情況援用一種劑量一型局部涂擦，每日2—4次。
（2）口服：腸道念珠菌病可給予制霉菌素口服，新生兒每日20—40萬U，2歲以下每日40—80萬U，2歲以上每日100—200萬U，分3—4次飯前服用，療程7—10日。口服不易吸收，全部由糞便排出。不良反應有惡心、嘔吐、輕瀉。
（3）霧化吸入：適用于呼吸系統念珠菌病，制霉菌素5萬U溶于2ml0.9%氯化鈉溶液中霧化吸入。
2、二性霉素B為多烯類抗生素
與真菌胞膜上的固醇類結合，改變膜的通透性，使菌體破壞，起殺菌作用。是目前治療隱球菌病、組織胞漿菌病和全身念珠菌病的首選藥物，對曲霉素菌病效果較差。
（1）靜脈滴注：開始義用小量，每日0.1mg/kg，如無不良反應，漸增至每日1—1.5mg/kg，療程1—3個月。靜注時用5%葡萄糖液稀釋，濃度不超過0.05—0.1mg/ml，緩慢靜脈滴注，每劑不少于6小時滴完。濃度過高易引起靜脈炎，滴速過快可發生抽搐，心律時常、血壓驟降，甚至心跳停搏。
（2）椎管內注射或腦室內注射：限于治療隱球菌性膜的病情嚴重或靜脈滴注失敗的病例。兒童鞘內注射，首次0.1mg用蒸餾水（不用0.9%氯化鈉溶液）稀釋，濃度不超過0.25mg/ml（偏稀為宜）或將藥物與腰穿時引流出的腦脊液3—5md混合后一并緩慢注入。以0.5mg為止不低超過0.7mg。療程一般約30次，如有副作用可減量或暫停用藥，腦脊液內藥物過多可引起蛛網膜炎而腦脊液細胞增多，暫時性神經根炎、感覺消失、尿潴留、甚至癱瘓、抽搐，如及早停吆五，大多能緩解。
（3）二性霉素的副作用：惡心、嘔吐、腹痛、發熱、寒戰、頭痛、頭暈、貧血、血小板減少，血栓性靜脈炎等，對炎、腎、造血系統有一定毒性。為減輕副作用，可于治療前半小時及治療后3小時給阿司匹林，嚴重者可用靜脈滴注氫化可地松或地塞米松。用藥期間，應每隔3—7天檢查血、尿常規及肝、腎功能，血清肌酐>2.5mg/dl時用藥應減量，尿素氮>40mg/d應停藥，停藥2—5周恢復正常，再從小劑量開始給藥，注射部位易發生血栓性靜脈炎，最初輸液部位宜先從四肢遠端小靜脈開始。
3、5—氟胞嘧啶
是一種口服系統性抗真菌化學藥物，對隱球菌和白色念珠菌有糧食抑制作用。可與二性霉素B合用，治療全身性隱球菌病，劑量為每日50—150mg/kg，分4次口服，療程4—6周。嬰兒劑量酌減。口服吸收良好，血清濃度高，腦脊液濃度可達血清的64—88%，容易產生耐藥性，副作用有惡心、嘔吐、皮疹、中性粒細胞核血小板減少，肝腎損害，與二性霉素B合用時可減少耐藥性，藥量可稍減，毒性反應可減輕，可縮短療程。
4、克霉唑為廣譜抗真菌藥
1—5%軟膏皮膚外用，口服易吸收，劑量每日20—60mg/kg，分3次口服。全身性深部真菌感染可與二性霉菌B聯合使用。副作用有胃腸癥狀、興奮失眠、蕁麻疹、白細胞減少、ALT升高等。
5、酮康唑合成的口服咪唑類抗真菌藥
系咪唑類衍生物。通過抑制麥角甾醇的合成，改變真菌細胞的通透性，導致真菌死亡。抗菌譜廣，口服體內吸收良好，毒性反應低，對念珠菌病、曲霉菌病、組織胞漿菌病等療效均顯著。開始劑量：體重30公斤以下者每日口服100mg，30公斤以上每日口服200—400mg，1—4歲者每日口服50mg，5—12歲，每日口服100mg，如小兒每日達400mg高劑量時，可有惡心、嘔吐、一過性的低膽固醇血癥狀和肝功能異常。
6、氟康唑（Fluconazol）
雙三唑類抗真菌藥，作用機理和抗菌譜與酮康唑相似，體內抗真菌活性比酮康唑強，生物利用度高，口服吸收好，對念珠菌、隱球菌等有抑制作用，可在腦脊液中達到有效治療濃度>3歲每日3—6mg/kg，一次口服或靜滴，副作用有胃腸反應，皮疹、偶致肝功能異常。