uSpA發病原因未明，可能與遺傳、感染等有關。發病機制較復雜，對其發病機制的研究較少。SpA具有共同的臨床表現：肌腱端病、骶髂關節炎和攜帶HLA-B27基因。骶髂關節和肌腱端的受累是研究的關鍵部位，而感染的病原菌和HLA-B27基因是研究其發病的主要線索。強直性脊柱炎是脊柱關節炎的原型，因而對uSpA發病機制的理解更多是基于強直性脊柱炎的研究結果。與強直性脊柱炎一樣，uSpA主要是遺傳致病，環境因素比如感染僅起非常小的作用，因為感染是普遍存在的。uSpA的發病機制目前認為與HLA-B27有一定相關性。