在實際使用中，儀器首先要對光散射信號進行測量。當光散射分析與熒光探針聯合使用時，可鑒別出樣品中被染色和未被染色細胞。光散射測量最有效的用途是從非均一的群體中鑒別出某些亞群。
熒光信號主要包括兩部分：①自發熒光，即不經熒光染色細胞內部的 熒光分子經光照射后所發出的熒光；②特征熒光，即由細胞經染色結合上的 熒光染料受光照而發出的熒光，其熒光強度較弱， 波長也與照射激光不同。自發熒光信號為噪聲信號，在多數情況下會干擾對特異熒光信號的分辨和測量。在 免疫細胞化學等測量中，對于結合水平不高的熒光抗體來說，如何提高信噪比是個關鍵。一般說來，細胞成分中能夠產生的自發熒光的分子（例核黃素、 細胞色素等）的含量越高，自發熒光越強；培養細胞中死細胞/活細胞比例越高，自發熒光越強；細胞樣品中所含亮細胞的比例越高，自發熒光越強。
減少自發熒光干擾、提高信噪比的主要措施是：①盡量選用較亮的 熒光染料；②選用適宜的激光和濾片 光學系統；③采用電子補償電路，將自發熒光的本底貢獻予以補償。