流行性斑疹傷寒的病原體為普氏立克次體，呈微小雙球桿菌狀，長0.3～0.6μm，寬約0.3μm，通常寄生于病人的血管內皮細胞內和體虱的腸壁上皮細胞內。病原體對熱、紫外線和一般化學消毒劑極為敏感，56℃ 30min或37℃ 5～7h即被殺滅。對低溫、干燥有較強耐受力，-20℃以下可長期保存，在干燥虱糞中可保存活力達數月。莫氏立克次體在形態、染色和對熱消毒劑等的抵抗力均與普氏立克次體相同，無法區別，但它對豚鼠、大白鼠和小白鼠極為敏感，注射后致豚鼠發熱、陰囊高度紅腫、致小白鼠、大白鼠發熱、致死。而普氏立克次體所致豚鼠的陰囊反應遠較莫氏立克次體所引起者為弱，它對小白鼠、大白鼠也缺乏致病性。故用豚鼠、小白鼠或大鼠接種試驗，以區別普氏和莫氏立克次體。