溶藻菌對藻細胞作用的方式和可能機理主要有以下5種:直接接觸溶藻、釋放殺藻物質、細菌與藻競爭營養物、形成菌膠膜及進入藻細胞內殺滅藻細胞。
１、溶藻細菌的— 直接接觸溶藻
一些溶藻菌直接與藻細胞接觸，通過釋放可溶解纖維素的酶而消化藻細胞的細胞壁，進而逐漸溶解整個藻細胞。如前所述的黏細菌對藍藻、魚腥藻、束絲藻、微囊藻以及多種顫藻的溶解作用[2～4] ；噬胞菌屬（J18.M01）和腐生螺旋體屬（SS98.5）能夠特異性地與橫裂甲藻和硅藻接觸溶解藻細胞[21，22] 等菌屬直接接觸溶藻。
2、溶藻細菌的— 釋放殺藻物質
細菌可以通過釋放特異性或非特異性的胞外物質殺死藻細胞，報道的細菌殺藻物質主要有蛋白質、多肽類物質以及抗生素。這類細菌常見的有弧菌、假單胞菌、黃桿菌、交替單胞菌、假交替單胞菌等。
（１）蛋白質與多肽類物質 Lee從海水中分離的一株交替假單胞菌A28能殺死骨條藻。將A28的上清液經超濾所獲得的濃縮上清液顯示出殺藻活性，這表明A28能產生細胞外大分子物質殺藻，經分析該大分子物質為一種胞外絲氨酸蛋白酶[12] 。一種被囊交替假單胞菌（D2）能夠分泌一種分子質量為190kD的毒性蛋白ΔlpP，該蛋白也具有殺藻活性[23] 。在日本湖泊中分離出銅綠假單胞菌，其分泌的綠膿桿菌素以及堿性蛋白酶，可能是溶解微囊藻的主要物質[7] 。
從具有強烈殺藻活性的芽孢桿菌的SY.1菌株中分離出一種新的溶藻物質Bacillamide，通過二維NMR技術分析出其結構為一種多肽，它對多環旋溝藻有特異性的殺滅作用，半數致死量（LC50）為3.2μg?ml -1 。對由多環旋溝藻引起的有害水華有明顯的抑制作用[24] 。Banin報道一株珊瑚褪色弧菌能合成并分泌一種稱為毒素P的胞外多肽，該毒素能夠抑制與珊瑚共生的蟲黃藻的光合作用，導致蟲黃藻死亡[25] 。
Yoshikawa從海水中分離、篩選出具有抗藍藻活性的細菌。在2594株分離出的細菌中，有37株能產生抗顫藻的物質。其中一株C979經鑒定為弧菌屬，其產生的具有殺藻作用的生物活性物質為強親水性化合物β.氰基L丙氨酸[8] 。
（２）抗生素 銅綠假單胞菌可產生大量的抗生素類物質，如擴散性吩嗪色素類物質，這些物質對其他細菌和藻類都有抑制作用。最近有人從這種細菌當中提取了幾種特異性殺藻的抗生素類物質，其中有些物質如1.羥基吩嗪和氧氯菌素能夠強烈抑制藍藻和綠藻的生長[6] 。Kawano等從柄細菌屬的PK654菌株中分離出一種抗生素thiotropocin，此抗生素對赤潮中的中骨條藻和赤潮異灣藻有明顯的抑制作用[26] 。
（３）其它 施氏假單胞菌能釋放高活性抑藻的化學物質，具有選擇性殺傷生物的特殊性質。例如將這些細菌同綠胞藻以及黃尾魚一起培養，藻被殺死，而黃尾魚未受到任何影響[27] 。
３、溶藻細菌的— 細菌與藻競爭營養物
有些細菌可通過C、N、P、K等物質與藻類產生直接或間接的聯系。如芽孢桿菌的生長需要氮磷等物質的營養支持，從而會使水體中的氮磷含量下降，進而使水體無法滿足微囊藻的生長需要。同時芽孢桿菌還可以微囊藻藻體作為C源加以利用；另外部分真菌和放線菌也會同藻類搶奪有限的營養物質，抑制藻類的生長[28] 。
４、溶藻細菌的— 形成菌膠膜
如腐敗菌、亞硝酸菌、大腸桿菌、枯草桿菌等大量出現時，單細胞藻類培養物會產生沉淀而顏色變黃，同時發生化學變化而發出氨臭味；另一方面，可在靜止的水面集結形成菌膠膜，有礙氣體交換和光線的透射，導致水環境惡化，致使藻類死亡。
５、溶藻細菌的— 進入藻細胞內殺死藻細胞
這種溶藻方式極其少見，有人從水華銅綠微囊藻中分離出一種類似蛭弧菌的細菌，這種細菌能夠進入銅綠微囊藻的細胞并使藻細胞溶解[29] 。