預后：2/3 以上的急性病人在發作消退后不留痕跡。急性重癥病人可在數天內死亡。典型慢性病人可呈慢性間歇性發展，其危險性隨病程的延長而增加。內科治療緩解率有限，病變不可能完全消失。大致能維持健康狀態者僅占10%～20%。有的病人盡管臨床表現近似健康人，但疾病仍在發展，而且多有一種或幾種并發癥。手術復發率高，5～10 年內可有50%～80%的病人復發。結腸克羅恩病的結腸癌發生率比一般人高約20 倍，小腸癌發生率約為0.3%。克羅恩病的病死率約為10%，死亡原因為腹膜炎和膿毒血癥。
預防：
1.消除和減少或避免發病因素，改善生活環境空間，改善養成良好的生活習慣，防止感染，注意飲食衛生，合理膳食調配。
2.注意鍛煉身體，增加機體抗病能力，不要過度疲勞、過度消耗，戒煙戒酒。
3.早發現早診斷早治療，樹立戰勝疾病的信心，堅持治療。