雙氣囊小腸鏡是在原先的推進式小腸鏡外加上一個頂端帶氣囊的外套管,同時也在小腸鏡頂端加裝一個氣囊。在通常情況下可抵達回腸中下段,部分可達末端回腸,檢查范圍大大擴展,如果進口或經肛側分別進鏡的方式相結合就可能使整個小腸得到全面、徹底的檢查。電子小腸鏡具有視野廣、圖像清晰,并可行內鏡下活檢及相關治療。