結合蛋白質的分子中除氨基酸組分之外，還含有非氨基酸物質，后者稱為輔因子，二者以共價或非共價形式結合，往往作為一個整體從生物材料中被分離出來。單純蛋白質是指分子組成中，除氨基酸構成的多肽蛋白成分外，沒有任何非蛋白成分稱為單純蛋白質。自然界中的許多蛋白質屬于此類。而結合蛋白質是單純蛋白質和其他化合物結合構成，被結合的其他化合物通常稱為結合蛋白質的非蛋白部分(輔基)。按其非蛋白部分的不同而分為核蛋白(含核酸)、糖蛋白(含多糖)、脂蛋白(含脂類)、磷蛋白(含磷酸)、金屬蛋白(含金屬)及色蛋白(含色素)等。