十二指腸潰瘍的主要臨床表現為上腹部疼痛，可為鈍痛、灼痛、脹痛或劇痛，也可表現為僅在饑餓時隱痛不適。典型者表現為輕度或中度劍突下持續性疼痛，可被制酸劑或進食緩解。臨床上約有2/3的疼痛呈節律性：早餐后1～3小時開始出現上腹痛，如不服藥或進食則要持續至午餐后才緩解。食后2～4小時又痛，也須進餐來緩解。約半數患者有午夜痛，病人常可痛醒。節律性疼痛大多持續幾周，隨著緩解數月，可反復發生。
