與其他原位雜交技術相比，熒光原位雜交具有很多優點，主要體現在：
①FISH不需要放射性同位素標記，更經濟安全。
②FISH的實驗周期短，探針穩定性高，特異性好，定位準確，能迅速得到結果。
③FISH通過多次免疫化學反應，使雜交信號增強，靈敏度提高，其靈敏度與放射性探針相當。
④多色FISH通過在同一個核中顯示不同的顏色可同時檢測多種序列。
⑤既可以在玻片上顯示中期染色體數量或結構的變化。也可以在懸液中顯示間期染色體DNA的結構。
