主要并發癥為繼發細菌感染及膿腫向周圍組織突破。繼發細菌感染時寒戰、高熱較明顯，毒血癥加重，血白細胞總數及中性粒細胞均顯著增多，膿液呈黃綠色或有臭味，鏡檢有大量膿細胞，但細菌培養陽性率不高。阿米巴肝膿腫向周圍器官穿破，如穿過膈肌形成膿胸或肺膿腫，穿破至支氣管造成胸膜-肺-支氣管瘺，穿破至心包或腹腔引起心包炎或腹膜炎，穿破至胃、大腸、下腔靜脈、總膽管、右側腎盂等處，造成各臟器的阿米巴病。除穿破至胃腸道或形成肝-支氣管瘺外，預后大多惡劣。
