限制性核酸內切酶（restrictionendonuclease），又簡稱限制酶或內切酶。它們是基因工程和基因診斷重要的一類工具酶。它們的發現和應用為從基因組中分離目的基因提供了必要的手段.限制酶能特異地識別和切割特異的核苷酸序列，將雙鏈DNA切成較小的片段。酶切后目的基因可能完整地或部分地保存于某一DNA片段上，并被分離出來。
限制酶主要來源于原核生物，是一組能水解DNA磷酸二酯鍵的酶。迄今已發現的限制酶多達數百種，分為三類。在基因工程中使用的主要是第二類。限制酶根據其來源命名。
每種限制酶識別和切割的通常為4-6個核苷酸序列，稱為限制性位點(restriction sites)或切點。限制酶切割雙鏈DNA的方式有兩種，產生的末端也有兩種：第一種是交錯切割，即兩條鏈的切點不在同一水平而是相隔數個堿基，故斷口產生兩小段自身互補的單鏈，這種末端容易互補連接，稱為粘性末端（cohesive terminus）；第二種為平整切割。