霉菌性腸炎大多發生在應用抗生素治療后，輕者腹瀉水樣，重者水便中可見漂浮脫落的偽膜，甚至瀉下血樣便，每日可達10次以上。本病常繼發于上消化道念珠菌病，可見“鵝口瘡”，侵犯食道時還可見咽痛、吞咽困難、厭食、嘔吐，甚至嘔血。皮膚局部一般也有念珠菌感染、糜爛的征象。正常人患病有時僅有不明原因的腹瀉，其他癥狀缺如或輕微。嚴重的患者念珠菌可擴散全身，引起其他呼吸、中樞神經組織的病變，以至出現敗血癥、休克等危急征候。
中醫認為，霉菌性腸炎多在脾胃氣陰虧虛的基礎上發生，氣虛則推動無力，陰虧則胃腸失于濡潤下降，最終導致腸道氣機運行不暢，濁邪內聚不散，久而蘊成濕熱毒邪，久留不去。