分子識別的過程實際上是分子在特定的條件下通過分子間作用力的協同作用達到相互結合的過程。
這其實也揭示了分子識別原理中的三個重要的組成部分，“特定的條件”即是指分子要依靠預組織達到互補的狀態，“分子間相互作用力”即是指存在于分子之間非共價相互作用，而“協同作用”則是強調了分子需要依靠大環效應或者螯合效應使得各種相互作用之間產生一致的效果。
