卵黃蛋白質來自VtgA，完全分裂產生氨基酸。這種模式是通過分析斑馬魚胚胎和成魚組織及鱭魚胚胎中ctlsa、 ctlsb及ctlsc基因表達得以識別。在鱗魚中，組織蛋白酶原L（Ctsl）異構體最可能涉及卵黃蛋白質水解。天冬氨酸蛋白酶組織蛋白酶D（Csd）的活動似乎通常涉及脊椎動物卵黃蛋白質的降解，尤其是在斑馬魚胚胎和仔稚魚中。位于ysl的酶原Ctsl被轉移到卵黃球，從中心卵黃塊分離，它被卵黃球中的Ctsd激活成組織蛋白酶L，后者水解卵黃蛋白質。卵黃基質中的幾種酶是弱陽性的，其中包括堿性和酸性磷酸酶、ATP酶、葡萄糖6磷酸及胰蛋白酶。
盡管新受精的卵中游離氨基酸組成相似，但對許多深海魚卵來說，并無卵黃中必需氨基酸或非必需氨基酸合成蛋白質的速率的相關規律。如條斑星鰈和大西洋庸鱖對EAA和NEAA的利用不同，而比目魚對EAA及NEAA并不存在選擇性利用。游離氨基酸的動員，主要發生在大菱鲆孵化之前及孵化之后的短時間內，還有檬鰈胚胎及早期卵黃囊仔稚魚之中，或是大西洋庸鰈等的卵黃囊仔稚魚中。對黑鱸來說，孵化之前（18℃）就耗掉了大約60%游離氨基酸，而來自油球的中性脂質似乎成為孵化后的主要能源基質。狹鱈的游離氨基酸直至孵化才被利用，大概是在受精后17天；而來自VtgB磷脂和三酰基甘油的Lv的高度利用，發生在仔稚魚期間，即5℃下受精后的18-28天條斑星鰈胚胎（受精后0~10天，8℃）及卵黃囊仔稚魚（11-21日齡）對卵黃營養的利用，存在一個三相序列。它具有一個明顯模式：0-4天不利用游離氨基酸，游離氨基酸的損耗主要發生在4天以后，13天時僅剩13%初始游離氨基酸。
Lv和磷脂通常在受精16-21天后開始被利用。在大西洋鱈魚胚胎發育期間，75%能量來自游離氨基酸新陳代謝，13%來自極性脂質，9%來自三酰基甘油。孵化后，能量利用如下：游離氨基酸2%；極性脂質20%（主要是PC）；中性脂質17%；蛋白質31%。這使得67%氨基酸和32%脂質被全利用。在大菱鲆中，深海魚卵類有一個單獨油球胚胎分解代謝和內源營養仔稚魚由氨基酸（50%，來自游離和結合蛋白質幾乎各占一半）和脂質（50%，主要是中性脂質）供能。同樣，游離氨基酸（84%）是大菱鲆胚胎發育過程中主要的新陳代謝能源。孵化之后，蠟酯（33%）和三酰基甘油（25%）是重要能源，與此同時，僅10%游離氨基酸得以利用。對孵化后12天期間的大西洋庸鰈卵黃囊仔稚魚而言，卵黃中超過70%游離氨基酸被利用，而卵黃蛋白質卻沒有明顯變化。這表明：當游離氨基酸作為孵化后卵黃吸收期間的優勢能源基質時，大西洋庸蝶仔稚魚能持續利用內源儲備物。其次，其他氨基酸則來自卵黃蛋白質；孵化時，60%總氨基酸（游離的及蛋白質氨基酸）作為魚體蛋白質合成的前體，而剩下40%則作為仔稚魚能量代謝基質。
根據大量在海水魚類中的研究結果可看出，在個體發育的內源營養階段，相對于結合在卵黃蛋白質中的氨基酸而言，游離氨基酸被較早動員（內源及新孵化的仔稚魚）。