傳統分類法根據生物的營養方式、運動能力和細胞結構的特點，把生物劃分為動物界和植物界。植物細胞的主要特征是具有硬的細胞壁和進行光合作用的葉綠體。按傳統分類系統，雖然大多數生物種容易歸類，可是對某些生物來說卻遇到了分類上的困難，例如眼蟲（Euglena）是一種單細胞生物，含有葉綠體，卻不具有細胞壁；細菌和真菌則有細胞壁而無葉綠體；支原體既無葉綠體也無細胞壁，古細菌既有原核生物的特征也具有真核生物的特征。這些生物按照傳統分類法進行分類顯然就要遇到困難。
1977年C. Woese根據對16SrRNA核苷酸順序的同源性比較，提出將生命劃分為三界，即：真細菌（Eubacteria）、真核生物Eucaryotes、古細菌（Archaes）。1996年Bult領導的研究小組在Science上發表了詹氏甲烷球菌（Methanococcus jannaschii）的全基因組序列，進一步證明它既不是典型的細菌也不是典型的真核生物，而是介于兩者之間的生命體，即生命的第三形式。