成像設備可以攝人圖像，對凝膠圖像以數字形式保存，對每塊凝膠圖像進行平等的比較，在各研究組之間傳遞信息，并對大量的數據進行歸類分析。目前應用較為廣泛的圖像分析軟件有PDQuest、ImageMaster 2D Elite、Melanie、BioImage Investigator等，分辨率較高，功能齊全。盡管如此，仍不可避免約10%的未檢出點和假點，需要手工添加、刪除和分割。圖像采集完成后。可以應用各種分析軟件進行分析，可以收集、詮釋、比較蛋白質組數據資料等。
