反義DNA 被廣泛地應用于反義技術中用以“封閉”或“抑制”目的基因表達，被應用的反義DNA多采用化學合成法得到，長度一般在8～28bp，1978年Zamecnik首次利用13bp的反義DNA抑制勞氏肉瘤病毒(RSV)增殖。
為了提高半衰期對天然結構反義DNA片斷的加工和修飾也應運而生，相繼出現了甲基磷酸型反義DNA、硫代硫酸型反義DNA、雙硫代硫型反義DNA、d-構型反義DNA、以及各種末端化學修飾的反義DNA。
此外，更由于反義DNA的體外可操作性，使之在藥物設計、合成、功能多層化和多樣化等方面具有更大的優越性。反義DNA對認識結構基因的功能和其表達的調控，從而為分子遺傳學分析、人類疾病的防治以及動植物遺傳育種等提供了新的實驗依據。