1、適應癥
⑴呼吸系統感染的癥狀：發熱、咳嗽、痰多（如泡沫血痰、鐵銹色痰、膿痰）、咯血、呼吸困難等。
⑵呼吸系統感染性疾病：鼻竇炎、咽炎、扁桃體炎、支氣管炎、肺炎、肺膿腫、肺結核、猩紅熱、百日咳、白喉等。
2、標本采集
呼吸道標本應該在抗菌藥物應用之前采集，采集過程中盡量避免口腔正常菌群的污染。標本采集后立即送檢，避免少量污染細菌過度生長。若不能及時送檢的標本暫放4℃冰箱，若分離培養肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌，不能放4℃冰箱。
⑴咽拭子采集法：用棉拭子采集病人咽后壁或懸雍垂的后側，反復涂抹數次；采集白喉標本時要擦拭咽、鼻粘膜、偽膜部分和深層組織的分泌物，并立即送檢。
⑵鼻咽拭子采集法：鼻咽拭子是一端彎曲的金屬棉拭子（有商品），經鼻腔進入鼻咽部采集標本，置于運送培養基送檢。
⑶鼻咽管采集法：用細鼻飼管從鼻腔進入到鼻咽部，用負壓吸引器吸取鼻咽部分泌物并放入無菌容器內送檢。用于病毒培養的標本，最好在床邊接種，否則放冰壺內立即送檢。
⑷痰液標本采集法
①咳痰：病人晨起用清水漱口數次，以便將口腔內正常菌群漱出。指導病人用力咳出呼吸道深部的痰液，置無菌容器中送檢。痰量少者可采用加溫45℃左右的10%氯化鈉溶液霧化吸入，使痰液容易排出。
②吸痰管吸痰：對嚴重感染而又無力咳痰或昏迷病人可采用吸痰管吸痰。
③用防污染纖維支氣管鏡刷直接取得痰液或采集肺泡灌洗液，放置無菌容器中。
④氣管穿刺法：懷疑厭氧菌引起的肺部感染，可通過氣管穿刺取得痰液。
3、常見病原體的檢查
⑴直接涂片檢查
①痰液細胞檢查：挑取膿性痰液加蓋玻片，在低倍鏡下計數白細胞和鱗狀上皮細胞的數量，每個視野多形核白細胞≥25個，鱗狀上皮細胞＜10個，表明是下呼吸道的感染標本，適合做細菌培養。軍團菌和結核菌培養不受此影響。
②肺炎鏈球菌（Streptococcus pneumonia ）：痰液直接涂片、革蘭染色鏡檢，見到革蘭陽性雙球菌，呈矛頭狀排列，有的帶有莢膜，結合臨床可初步診斷。
③結核分枝桿菌：高壓滅菌后挑取痰液在潔凈無劃痕玻片上均勻涂片、厚度適宜，進行抗酸染色，油鏡檢查見到抗酸染色陽性及形態特點似結核菌時，報告“找到抗酸桿菌”。
④白喉棒狀桿菌（Corynebacterium diphtheriae）：將分泌物涂片，采用Neisser或Albert法染色，鏡下見到革蘭陽性桿菌，排列不規則，呈V、Y及柵欄狀排列，有明顯異染顆粒，可報告見到革蘭陽性棒狀桿菌。