潛伏期約3個月。依囊尾蚴寄生的部位、感染的程度、寄生時間的久暫、是否存活以及人體的反應不同，其臨床表現也各不相同。
（一）腦囊尾蚴病臨床復雜多樣可分為以下類型：
1、腦實質型 占腦囊尾蚴病的80%以上。囊尾蚴位于大腦皮質表面臨近運動中樞區，臨床表現為癲癇最常見，約半數患者表現為單純大發作，且為惟一的首發癥狀，發作頻度較低，多在3個月以上才發作一次，發作后可有一過性癱瘓、失語及發作性幻視、單純性局限性癲癇等。彌漫性腦實質受累者常陰極路內壓增高或器質性精神病。甚或因腦組織破壞和皮質萎縮導致癡呆。
2、腦室型 約占腦囊尾蚴病的10%，囊尾蚴寄生在腦室孔附近，則可出現腦脊液循環梗阻、顱內高壓等表現。有時可表現為活瓣綜合征，即反復出現突發性體位性劇烈頭痛、嘔吐、甚至發生腦疝。
3、軟腦膜炎型 亦約占囊尾蚴病的10%，囊尾蚴寄生于軟腦膜可引起慢性腦膜炎，反復發作，以顱底及路后凹部多見表現有頭痛、嘔吐、頸強直、共濟失調癥狀，發熱常不明顯，顱神經損傷亦較輕微。粘連性蛛網膜炎患者多有顱內壓增高，視力減退等癥狀，第四腦室正中孔或側孔阻塞時產生腦積水。
4、脊髓型 表現有截癱、感覺障礙、大小便潴留等。 此外，兼具前述各型癥狀，以腦實質型與腦室型混合為多見，會使癥狀更為復雜。亦有表現為幻覺、迫害妄想等精神癥狀者。
（二）皮下及肌肉囊尾蚴病 約2/3囊尾蚴病患者有皮下囊尾蚴結節，在皮下可觸及直徑約0.5—1.0cm大小的圓或橢圓形結節，多在頭部、軀干及大腿上端內側，自數個至數百個不等，質堅韌似軟骨，具彈性感、無痛、本皮色與周圍組織無粘連。結節可分批出現，時間久者結節變小變硬。若大量囊尾蚴寄生于軀干或四肢肌肉內，可引起假性肌肥大癥，表現為四肢肥肉肥大，但卻軟弱無力，甚至行動困難。
（三）眼囊尾蚴病 占囊尾蚴病2%以上，多為單眼感染，最常寄生的部位在玻璃體和視網膜下。位于視網膜下者可引起視力減退，亦常為視網膜剝離的原因之一。位于玻璃體者可自覺眼前有黑影飄動，用裂隙等檢查時，可見灰藍色或灰白色圓形囊泡，周圍有金黃色反射圈，用頂刺激可見蟲體蠕動。囊為有在眼內存活時患者尚可耐受，而蟲體死亡產生強烈的刺激，可導致色素膜炎、視網膜脈搏膜炎。
（四）其他 其他部位亦可有囊尾蚴寄生，如心肌等臟器或組織，但均罕見。