細胞的種類多種多樣，大小和特性個不相同，故此細胞固定化的方法有很多種。歸結起來，主要可以分為吸附法和包埋法兩大類。
吸附法
利用各種吸附劑，將細胞吸附在其表面而使細胞固定的方法稱為吸附法。
用于細胞固定化的吸附劑主要有硅藻土、多孔陶瓷、多孔玻璃、多孔塑料、金屬絲網、微載體、和中空纖維等。
酵母細胞帶有負電荷，在pH3~5的條件下能夠吸附在多孔陶瓷、多孔塑料等載體的表面，制成固定化細胞，用于酒精和啤酒等的發酵生產；在環境保護領域內使用的活性污泥中含有各種各樣的微生物，這些微生物可以沉積吸附在硅藻土、多孔玻璃、多孔陶瓷、多空塑料等載體的表面，用于各種有機廢水的處理，降低廢水中的化學需氧量（COD)和生化需氧量（BOD）；各種霉菌會長出菌絲體，這些菌絲體可以吸附纏繞在多空塑料、金屬絲網等載體上用于生產有機酸和酶等；植物細胞可吸附在中空纖維外壁，用于生產色素、香精、藥物和酶等次級代謝產物；動物細胞大多屬于貼壁細胞，必需依附在固體表面才能正常生長，故可吸附在容器壁、微載體、中空纖維外壁等載體上，制成固定化細胞，用于各種蛋白質的生產。
包埋法
將細胞包埋在多空載體內部而制成固定化細胞的方法稱為包埋法。包埋法可分為凝膠包埋法和半透膜包埋法。凝膠包埋法是應用最廣泛的細胞固定方法。