基因芯片技術突出特點是集成化、微型化、自動化，代表了未來分子診斷的發展趨勢。其優點有以下幾個方面：
一是高度的靈敏性和準確性；
二是快速簡便；
三是可同時檢測多種疾病。
因此已廣泛應用于DNA序列測定、基因表達譜分析、基因組研究、基因突變檢測及多態性分析、疾病的臨床診斷和預測、藥物研究與開發以及法醫鑒定、工農業、食品與環境衛生監督等領域。
