基因診斷可分為兩類：
基因直接診斷
直接檢查致病基因本身的異常。它通常使用基因本身或緊鄰的DNA序列作為探針，或通過PCR擴增產物，以探查基因無突變、缺失、退化等異常及其性質，這稱為直接基因診斷，它適用已知基因異常的疾病；
基因間接診斷
SSCP、AMP－FLP等技術均可用于連鎖分析。
