mFISH是在熒光原位雜交基礎上發展起來的新技術，它不僅具有FISH的優點，而且克服了FISH的許多局限，其最大特點是可將多次繁頊的FISH實驗和多種不同的基因定位在一次FISH實驗中完成。mFISH能同時檢測多個基因，分辨復雜的染色體易位和微小缺失，區分間期細胞多倍體和超二倍體等。mFISH用激發光譜和吸收光譜不同的熒光索按一定調色方法標記不同的探針，從而對不同靶DNA同時進行定位和分析，并能對不同探針在染色體上的位置進行排序。
探針熒光素顏色調配的方法有非調色法，混合調色法和比例調色法。這3種調色法中，比例調色法只需要極少幾種熒光素就可標記多種探針，因而更有發展潛力。染色體描繪（chromosome painting），比較基因組雜交（comparative genomic hybridization，CCH）、光譜染色體自動核型分析（speetral karyolyping.，SKY）、交叉核素色帶分析（cross-species colorbanding，Rx-FISH）和多彩色原位啟動標記（mulicolor primed in situ labeling，mulicolor PRINS）等技術都是在mFISH的基礎，上發展起來的。