清洗離子源的程序
從工作站中tune and vacuum/vacuum/power-on temps將離子源和四極桿溫度設為0 ,拆卸離子源
用專用綠色砂紙或三氧化二鋁粉（用無水乙醇混成糊狀）打磨除燈絲及螺絲外的金屬零件表面，特別注意離子軌道內各部分。
用水仔細沖洗
HPLC級甲醇清洗，再用二氯甲烷清洗，最后用丙酮或正己烷清洗
將所有離子源部件（包括未打磨的部件）放入潔凈燒杯，分析純無水乙醇超聲波清洗4次，每次10分鐘。注意：如果使用強溶解性溶劑如丙酮等，不要清洗透鏡絕緣體和加熱塊導線。
放于潔凈燒杯，置于GC柱溫箱內，將爐溫設為20°C（使風扇不停轉動）約60分鐘
組裝，確認無短路，放回。插好各部件電線
抽真空（確認泵工作正常，此時離子源與四極桿不加熱）。1小時后將溫度升至正常狀態
至少2小時后調諧