幽門螺桿菌感染現在主要靠抗幽門螺桿菌藥物進行治療。盡管幽門螺桿菌在體外對許多抗菌藥物都很敏感，但是在體內用藥并不那樣如意。目前不提倡用單一的抗菌藥物，因為它的治愈率較低，且易產生耐藥性。
治療方案的選擇原則是：
1、采用聯合用藥方法；
2、幽門螺桿菌的根除率>80%，最好在90%以上；
3、無明顯副作用，病人耐受性好；
4、病人經濟上可承受性。判斷幽門螺桿菌感染的治療效果應根據幽門螺桿菌的根除率，根除是指治療終止后至少在一個月后，通過細菌學、病理組織學或同位素示蹤方法證實無細菌生長。
根除幽門螺桿菌前應先注意口腔衛生。使用一段時間漱口水和抑菌牙膏，修復口腔問題如蛀牙，牙垢，牙結石等。可以先更換牙具，口杯、水杯、不銹鋼保溫杯不要混用，并且經常要蒸煮消毒，特別是在藥物治療期間，分餐消毒碗筷。
目前國內外常用的抗幽門螺桿菌藥物有胃復春片、羥氨芐青霉素、甲硝唑、克拉霉素、強力霉素、呋喃唑酮、有機膠態鉍劑、胃得樂、樂得胃等。潰瘍病患者尚可適當結合應用質子泵抑制劑或H2受體拮抗劑加上兩種抗生素，或者質子泵抑制劑（如奧美拉唑）加上一種抗生素。療程一般為兩個星期。由于治療幽門螺桿菌感染的抗菌方案的廣泛應用，有可能擴大耐藥性問題的產生。因此，將來替換性的治療或預防策略，如疫苗預防或免疫治療的研究是值得重視的。
醫生對初次感染和多次感染幽門螺桿菌患者的用藥方案是不同的。對初次感染的患者，大多采用標準的三聯或四聯療法；對于部分不適合使用抗生素治療的患者，可使用中西醫結合的治療方案；對于高耐藥人群的根除治療，一般需先進行藥敏試驗，再根據其結果制訂個性化治療方案，或直接采用中醫藥辨證治療。