食管有腐蝕劑損傷史者應考慮食管炎、良性狹窄；有胃酸或膽汁頻繁反流史者多為反流性食管炎（酸性或堿性反流）；食管癌高發地區患者應首先考慮食管癌；吞咽困難由情緒激動誘發者，提示可能系食管賁門失弛緩癥、原發性食管痙攣或神經官能癥（癔球癥）所致。
胃腸道疾病引起的吞咽困難往往是食管、賁門異常所致，如食管蠕動減弱、消失或異常，以及各種原因引起的食管狹窄。這其中包括單純性的食管病變，如賁門失弛緩癥、彌漫性食管痙攣、食管癌；某些全身性疾病在食管中的反映，如皮肌炎、硬皮病等；還有食管鄰近器官疾病對食管的影響，如縱隔腫瘤、主動脈瘤等。影像學檢查有助于明確本病的病因。