宏觀進化可能以兩種方式出現：
一是通過對微觀進化過程進行推論。
微小進化在孤立的種群中經歷足夠時間，最后形成新物種。
二是突然迅速變化。這一理論-間斷平衡-由Stephen Jay Gould提出，它基于有機體中存在關鍵基因的事實（例如homeobox)，它們小的變化可產生有機體巨大的變化，并導致新物種迅速形成。
