根據臨床表現和實驗室檢查結果確診，在肺炎球菌腦膜炎發病后不久，即出現昏迷和驚厥的可疑病例，應及時作腰穿檢查腦脊液，腦脊液涂片見大量肺炎雙球菌，治療必須予以重視。
反復發作的肺炎鏈球菌腦膜炎應與Mollaret腦膜炎鑒別，Mollaret腦膜炎為一種病因不明的少見病，以良性復發為特點，青少年多見發病年齡最小者5歲，表現為發作性發熱，頭痛，嘔吐，頸強直，克氏征與布氏征陽性，有時伴癲癇大發作，暈厥，昏迷，一過性視力，語言障礙，暫時性面癱，復視，瞳孔不等大等，癥狀多突然發作，數小時達高峰，每次持續時間短暫，約3～7天后癥狀突然消失，2次發作期間無任何異常，腦脊液呈膿性，蛋白增高，糖輕度減少，白細胞明顯增多，瑞染色見大單核樣細胞即Mollaret細胞，該細胞體積約為正常單核細胞的4～5倍，細胞膜不清，胞漿多呈灰色，有空泡無顆粒，細胞核折疊有凹陷，部分有分葉，無核仁，1～2天后腦脊液即以淋巴細胞為主，細菌，真菌，病毒檢查均為陰性，Mollaret細胞大量檢出是診斷本病的重要依據，但須與瘤細胞鑒別，天津兒童醫院曾于1980年報告1例13歲女童，在4年半中反復發作7次。