布魯克發布新型4DProteomics?timsTOF技術

　　A. 基于人工智能的TIMSquant?軟件，實現CCS-enabled非標記定量，可擴展到成千上萬的樣本；

　　B. midia-PASEF^?采集模式，早期能夠用在超靈敏的 timsTOF Ultra 上進行免疫肽組學和蛋白質翻譯后修飾（PTMs）研究，實現在dia-PASEF中的類似DDA母離子溯源；

　　C. 使用Biognosys Spectronaut^? 18 directDIA +?軟件和PreOmics ENRICH試劑盒，在timsTOF HT上，實現經濟實惠的、高通量的約3,500pg血漿蛋白質組學研究；

　　D. 全新的 PepSep? ULTRA XL和MAX HT色譜柱，分別用于DDA譜圖庫構建和高通量蛋白質組學研究；

　　E. TwinScape? 數字孿生技術，實現timsTOF的最佳性能和穩定運行；

　　F. 與Mass Dynamics建立新合作伙伴關系，獲取生物信息；

　　G. MALDI HiPLEX-IHC一站式解決方案，用于空間蛋白質組學；

　　H. MetaboScape?新版本，助力4D-脂質組學和4D-代謝組學。

　　2023年9月18日韓國釜山—2023年第22屆世界人類蛋白質組學大會上，布魯克公司（納斯達克股票代碼：BRKR）宣布了，應用于4D-蛋白質組學、MALDI HiPLEX-IHC空間組織蛋白質組學、4D-脂質組學和4D-代謝組學研究方面儀器方法、耗材和軟件的關鍵創新。

　　A.基于人工智能的，全新可擴展TIMSquant?技術，用于非標記定量

　　布魯克推出的TIMSquant，是一種集成在Bruker ProteoScape?中的可擴展的、支持碰撞截面( CCS )的人工智能驅動的非標記定量技術。TIMSquant通過使用保留時間和CCS預測模型，對存在于100例或1000例樣品中的肽和蛋白質進行精確定量。準確、大規模的CCS數據進一步增加了基于先前確定的肽段和對齊缺失值的特異性和定量一致性。

　　Bruker ProteoScape是布魯克推出的基于TIMS DIA  -NN的GPU綜合蛋白質組學軟件，以CCS為中心進行信息學優化，現在自帶BPS Novor模塊，用于免疫肽組學的從頭測序。BPS Novor，是與一家加拿大的軟件和合同研究組織公司（Rapid Novor Inc.)合作開發的；TIMS DIA -NN，是 Demichev及其合作者高度認可的定制版本。

　　京都大學助理教授Kosuke Ogata博士，表示：“利用timsTOF技術的高占空比，從大規模臨床隊列中進行超高速LC-MS分析是我們實驗室的關注點。非典型蛋白質肽段的分析，對我們的研究至關重要。我們已經在Bruker ProteoScape（以前稱為PaSER）上安裝了BPS Novor de novo軟件，它的實時速度和高質量的從頭測序，讓人印象深刻。”

　　哈佛大學醫學院副教授、波士頓兒童醫院蛋白質組學主任Hanno Steen博士說道：“我們專注于高通量地從體液中發現和驗證生物標志物，如血漿、血清、腦脊液、唾液和尿液。利用我們的timsTOF儀器和Bruker ProteoScape的穩健性，構建大型譜圖庫，并對1000例的臨床研究樣本進行分析。最近，我們擴展了生物信息學批量處理方式，使其在ProteoScape上運行。最讓人興奮的是，這項技術能夠實際應用于10,000例樣本LC/MS運行的實時分析，從而完成兒科、免疫學和神經學疾病的病理機制解析。”

　　B.新型dia-PASEF掃描模式

　　布魯克對timsControl采集軟件進行了升級，300Hz PASEF和Vista Scan?技術的關鍵進展可從公司官網下載^[3]。在非常短的LC梯度下，300Hz dda-PASEF每分鐘可獲得高達18,000個包含CCS的MS/MS譜圖。VistaScan?技術，實現了TIMS ramp與四極桿掃描在遷移率掃描過程中的同步掃描，能夠以最佳方式覆蓋離子遷移質量電荷平面中的離子群^[1-2]。

　　將Vista Scan應用于新型midia-PASEF掃描，已獲得美茵茨約翰內斯·古騰堡大學授權。布魯克正在啟動midia-PASEF的早期研究項目，用在超靈敏的 timsTOF Ultra 上進行免疫肽組學和蛋白質翻譯后修飾（PTMs）研究。這些應用得益于midia-PASEF的靈敏度和速度兼顧的優勢，以及可以從midia-PASEF數據中提取類似DDA的母離子信息。

　　C.PreOmics ENRICH Kit，進行經濟實惠，高通量的約 3500pg血漿蛋白質組學

　　布魯克與PreOmics和Biognosys合作，共同為用戶提供更精進、高通量和經濟實惠的中深度血漿蛋白質組學試劑盒和CRO服務，利用PreOmics ENRICH-iST磁珠（SP3技術），無需抗體/配體，即可從最少量的樣品和各種物種中準確可靠的定量到約3,500個蛋白質。

　　D.PepSep? ULTRA XL 和 PepSep? MAX HT色譜柱

　　布魯克宣布推出全新PepSep? ULTRA XL 和 PepSep? MAX HT色譜柱。PepSep ULTRA XL柱是為長梯度設計的，用于DDA-PASEF譜圖庫的構建，它可以提高DIA-PASEF短梯度分析的蛋白質和肽段鑒定的置信度和覆蓋率。PepSep MAX HT是一款用于短梯度（<15分鐘）高通量蛋白質組學研究的色譜柱。

　　華盛頓大學醫學院助理教授，質譜技術訪問中心（MTAC）的蛋白質組學負責人，Byoung-Kyu Cho博士認為：“PepSep MAX HT色譜柱為我們的質譜工作帶來了顯著的轉變。這個輕便小巧的色譜柱，因具備高通量分析、持久穩定性、操作便捷性以及對用戶非常友好操作界面的特點而脫穎而出。我向所有追求一流高通量數據的同行們，推薦 PepSep MAX HT。”

　　E.布魯克 ProteoScape 軟件中的 TwinScape 數字孿生功能

　　為確保每種樣品的最佳運行條件，布魯克推出了 TwinScape?，這是 timsTOF 平臺的數字孿生模型，使用了 Bruker ProteoScape 軟件和 Biognosys iRT 試劑盒。TwinScape，能夠和Biognosys iRT 試劑盒結合，提供全新質量控制（QC）功能，保證復雜分析和大型研究均可在最佳條件下運行。 Biognosys iRT試劑盒中包含11種非天然合成肽，且肽段已經經過優化，其穩定性、靈敏度、保留時間間隔和CCS-enabled功能都有所提升。

　　牛津大學副教授，Dr. Roman Fischer說道：“轉化蛋白質組學中心（CTP），為有興趣從小樣本中獲取深度蛋白質組學數據的客戶提供服務，而臨床蛋白質組學和空間蛋白質組學研究都需要對大樣本群進行高通量的特性分析。Bruker ProteoScape對樣本和數據質量的實時監控，并充分利用了timsTOF平臺卓越的穩健性，能夠更好地支持高通量的深度蛋白質組學研究。”

　　F.Mass Dynamics基于4D-蛋白質組學獲取生物學信息

　　布魯克與WEHI（沃爾特與伊麗莎·霍爾醫學研究所）的Andrew Webb教授（Mass Dynamics Pty Ltd的聯合創始人）合作，實現了從Bruker ProteoScape?和現在的Spectronaut^?與Mass Dynamics互動可視化工具的數據集成，從而進行知識提取，幫助科學家回答更多生物學問題。

　　G.引入MALDI HiPLEX-IHC工作流程 — 4D-蛋白質組學的進一步拓展

　　布魯克與AmberGen公司合作，將其深耕多年的MALDI質譜成像技術與經典的IHC相結合，推出了全新的空間蛋白質組學分析流程—MALDI HiPLEX-IHC多重免疫蛋白成像。MALDI HiPLEX-IHC具有多種抗體探針選擇方案，作為一種可與IHC相媲美的、成熟穩定的工作流程，可應用于從免疫腫瘤學到神經病理學等多個研究領域。

　　蘇黎世聯邦理工學院的Bernd Bodenmiller教授指出，“最新研究表明，空間蛋白質組學通過從從空間維度發現生物標志物，為組織鄰域提供了生物學背景信息。將組織微環境中細胞的排布和蛋白質的空間位置綜合分析，能夠闡明疾病或穩態背后的生物學機制，從而為新型精準醫學的應用提供更多的理論支持。依托于timsTOF fleX空間組學質譜儀，MALDI HiPLEX-IHC工作流程的引入，將極大地提升我們對于“組織微生態系統”的空間多組學表征能力。”

　　H.新型MetaboScape軟件，用于4D-多組學研究

　　新版本的 MetaboScape^? ，利用穩定的同位素標記的脂質標準品進行半定量分析，使支持CCS的4D-脂質組學得到了補充。

　　德國明斯特大學無機與分析化學研究所的Heiko Hayen博士說：“MetaboScape，將T-ReX 4D算法，與CCS識別功能結合，能夠利用標記的內標物質準確地歸一化脂質濃度。采用這種方案，我們觀察到已覆蓋的脂質間的標準偏差有了明顯的改善，脂質組學研究的可重復性也有了顯著提高。”

　　Enveda Biosciences首席執行官和創始人，Viswa Colluru博士說：“布魯克提供的開放式軟件生態系統，為我們創建了發現新平臺的基礎。CCS-enabled工作流程，讓用戶能夠更精確地從自然界中識別化合物。布魯克始終如一地對創新的堅持，和對用戶的支持，使他們成為了出色的合作伙伴，極大地助力了我們對于天然藥物創新使命的實現。”

　　References:

　　[1] Distler et al., bioRxiv 2023.01.30.526204, https://doi.org/10.1101/2023.01.30.526204

　　[2] Skowronek et al., Molecular & Cellular Proteomics, Feb 2023； 22(2):100489-100489, https://doi.org/10.1016/j.mcpro.2022.100489

　　[3]https://www.bruker.com/protected/de/services/software-downloads/mass-spectrometry/acquisition-software.html

　　關于布魯克公司

　　布魯克致力于讓科學家能夠取得突破性發現，并開發新的應用以提高人類生活質量。Bruker的高性能科學儀器和高價值的分析和診斷解決方案使科學家能夠探索分子、細胞和微觀層面的生命和材料。憑借與客戶的密切合作，布魯克在生命科學分子研究、應用和制藥應用以及顯微鏡、納米分析和工業應用等領域實現了創新突破和生產力提升，并創造了諸多客戶成功案例。近年來，布魯克也成為細胞生物學、臨床前成像、臨床影像學和蛋白質組學研究、臨床微生物學和分子病理學研究的高性能系統的提供者。更多詳細信息請訪問 www.bruker.com。