尿液檢查
常規檢查可見血尿、蛋白尿和脂肪尿，腎小管功能不全如濃縮稀釋、酸化功能障礙等。尿沉渣檢查可見有脂質包涵體的細胞，超微結構檢查發現含有典型包涵體和游離髓磷脂體的完整細胞。仔細鏡檢尿沉渣，常可見內含雙折光脂質的泡沫樣上皮細胞（此脂質細胞在偏光鏡下形似馬耳他十字架），對本病具有提示意義。
血液生化檢查
血漿、白細胞或成纖維細胞中的α-半乳糖苷酶活性明顯降低。其原理是由于溶酶體酶α-半乳糖苷酶A將酰基鞘氨醇水解為鞘氨醇和一個自由脂肪酸，當缺乏該酶時糖鞘脂在血漿中的濃度和組織中的沉積增多。半合子患者血漿中酰基鞘氨醇三羥化物濃度增高可達正常值3倍，在一些組織中增多可達300倍。
羊膜或絨毛囊穿刺
通過檢測羊水及絨毛中（妊14周時）α-半乳糖苷酶的活性有助于產前診斷。