常用的藥物為制霉菌素、氟康唑、伊曲康唑等。
1.體表感染
如口腔、外陰、陰道白色念珠菌感染等的治療：輕者以局部治療為主，重者考慮全身治療。口腔感染治療通常使用2%～4%碳酸（小蘇打）溶液漱口、龍膽紫涂擦或洗必泰涂抹。在沖洗及含漱的基礎上給予抗真菌外用藥，如用制霉菌素乳劑涂敷、咪康唑散劑涂搽、咪康唑霜劑涂敷，療程一般為7～10日。
2.霉菌性外陰陰道炎
一般使用堿性藥物沖洗陰道，如用2%～4%蘇打液改變霉菌的生活環境，再選用抗真菌外用藥，可用制霉菌素陰道栓放置、制霉菌素冷霜局部涂擦、1%～5%克霉唑軟膏或霜劑涂敷。感染較重或局部治療效果差時，加用口服抗真菌藥治療。可供選用的口服抗真菌藥。
3.各種內臟念珠菌病及嚴重的皮膚黏膜念珠菌感染
（1）制霉菌素 該藥在腸內極少吸收，主要用于消化道念珠菌病。
（2）酮康唑 療程視感染類型和患者的反應而定。肝功能異常者慎用。
（3）伊曲康唑
（4）兩性霉素B 靜脈點滴，或合并口服5-氟尿嘧啶可有一定協同作用，以提高療效。