常因致病力強的細菌引起，以金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、肺炎球菌、流感桿菌、變形桿菌和大腸桿菌為多見。這些細菌毒力較強，起病急，病情重，常繼發于其他部位的感染，為全身感染的一部分，如腦膜炎、肺炎、血栓性靜脈炎等，有時伴有其他器官的轉移性化膿病灶。通常發生于正常心臟。
感染性心內膜炎多發生于風濕性心瓣膜病，如二尖瓣與主動脈瓣關閉不全，及某些先天性心臟病，如室間隔缺損，動脈導管未閉與二葉主動脈瓣等器質性心臟病。個別亦有發生于原無心臟病的基礎上，本病病原多為條件性致病菌，如草綠色鏈球菌、白色葡萄球菌、產鹼桿菌和腸球菌等。少數為霉菌感染，其中以念珠菌為多。感染途徑：草綠色鏈球菌感染常與口腔手術有關，腸球菌常發生于泌尿道手術或流產分娩后，葡萄球菌，革蘭氏陰性桿菌、霉菌感染常發生于心內手術后。
口腔局部手術、流產、分娩或泌尿道手術，心臟手術或呼吸 道感染，細菌均可進入血流，由于機體防御機制，多不產生危害。但當細菌附著在已有病損的心瓣膜或心內膜時，則局部有血小板，纖維蛋白的沉積，包繞細菌，形成贅生物，吞噬細胞對細菌難以發揮吞噬作用，當贅生物破裂、脫落、細菌多次釋放入血流，形成反復慢性菌血癥過程。
感染性心內膜炎有一定的好發部位，多發生于血流沖擊或局部產生渦流的部位，如二尖瓣關閉不全的心房面，主動脈瓣關閉不全的心室面，室間隔缺損的右心室面動脈導管未閉的肺動脈內膜面等。
急性感染性心內膜炎是慢性病程，贅生物上的細菌難以消滅，能長期生存，由于細菌毒力低，較少發生遷移性感染。