近日,中國農業科學院植物保護研究所研究員李世訪研究團隊與中國科學技術大學吳清發教授研究團隊合作,在世界上首次發現蘋果中存在具有核酶活性的環狀RNA。
上世紀80年代,在研究蘋果上一種危害嚴重的病害——蘋果銹果病時,中國農業科學院興城果樹研究所的果樹病毒專家劉福昌研究員和日本果樹病毒專家小金澤碩城均從蘋果中分離到一種特殊環狀RNA。但是,限于檢測及分析技術的限制,一直未能揭示出它的真面目。
2012年,在一次國際會議中,李世訪結識了專門從事生物信息學研究的吳清發,并決定共同探究蘋果中環狀RNA的真面目。
研究團隊采用了高通量測序(NGS)技術結合生物信息學分析的策略。他們重新編譯了PFOR2程序,其運行速度比PFOR提高了3~8倍,從而能夠處理高通量測序獲得的大量數據。通過對含有環狀RNA的蘋果銹果樣品進行高通量測序,經過幾個月的摸索和反復驗證,終于拿到了該環狀RNA的全序列。
序列分析發現,該環狀RNA由434個核苷酸組成,是一種迄今為止從未見過報道的新的環狀RNA。自中國報道后,美國、意大利等國研究人員的檢測結果也為此提供了有力的佐證。有意思的是,生化實驗表明,該環狀RNA正、負鏈均具有核酶活性,能夠進行自我剪切。該研究為今后從植物和動物中發現更多環狀RNA提供了新的思路和技術手段。
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