立克次體先在局部細胞內生長繁殖，繼而造成立克次體血癥侵入各組織器官，形成典型的增生性，血栓性或壞死性血管炎和血管周圍炎性肉芽腫(也稱斑疹傷寒結節)，此種病變累及全身，尤以皮膚的真皮，心肌，肺，腦，肝，腎，腎上腺等處受累明顯，引起各種相應的臨床癥狀，病原體釋放的毒素引起各種中毒癥狀，發病后2周，血管病變最突出，如毛細血管通透性增加，血管栓塞及瘀斑等，可能與繼發遲發性變態反應有關，在肺部發生支氣管肺炎的病理變化，主要表現為局部充血，水腫，肺泡內滲出，實變，富含單核細胞，淋巴細胞，漿細胞，紅細胞及少量中性粒細胞，姬姆薩或革蘭染色組織切片，顯示肺泡間質增生伴大量單核細胞浸潤，在支氣管上皮，單核細胞中可存在大量立克次體，若繼發細菌性感染，則以肺炎球菌多見，流行性斑疹傷寒和地方性斑疹傷寒的發病機制和病理改變基本相同，只是后者血管病變較輕。