胃腸道感染
臨床上表現為腹瀉，常伴有嘔吐，在新生兒很快引起嚴重的疾病。大便外觀（可與母乳喂養新生兒的正常大便相同）可提示致病菌。血性和粘液性便提示結腸炎，通常由致病性大腸桿菌（ＥＩＥＣ），沙門菌，志賀菌或空腸彎曲菌引起。相反，大量的水樣便，甚至嬰兒禁食時仍然持續則提示由腸毒素性細菌［如產毒性大腸桿菌（ＥＴＥＣ）］或病毒（如輪狀病毒）引起的分泌性腹瀉。
脫水
可以是輕度（≤病例的５％），僅表現為口腔粘膜干燥；中度脫水（病例的７％～１０％），可表現為皮膚彈性下降，眼眶和囟門凹陷；重度脫水（≥病例的１０％），常伴有低血容量性休克。由于新生兒腎臟濃縮機制尚不成熟，通常直至脫水的晚期才表現出少尿。
電解質紊亂
電解質紊亂 ，代謝性酸中毒可導致行為異常（如嗜睡或激惹）或其他少見的并發癥（如心律失常，顱內出血和腎靜脈栓塞）。
菌血癥敗血癥
可發生繼發于由腸道病原體或正常腸道菌叢引起的胃腸炎（如沙門菌，志賀菌或空腸彎曲菌）的菌血癥，而且可引起敗血癥或局部感染。敗血癥的癥狀通常很輕微和無特異性（新生兒敗血癥）。
壞死性小腸結腸炎
也是細菌性或病毒性胃腸炎的并發癥之一。