1.吸取 0.5ul 的基質溶液，加到 MALDI-MS 分析所用的金屬樣品板上的樣品孔中（為了準確起見，請使用2ul 的移液器）。 2.在基質干燥之前，迅速加入 0.5ul 的標準品或樣品到基質中。 3.置于室溫條件或 40℃ 的烘箱內約 5 min，讓溶劑蒸發以使樣品干燥。 4.把金屬板轉移到質譜儀的真空艙內。 5.以恰好高于離子化閾值的激光能量來「預熱」校準標準品，從而獲得初始質量圖譜。 6.然后，降低激光能量直到獲得高質量的圖譜。
 7.用適合的校準物來獲得線性的兩點（two—point) 外標校準（參考表 8.9 和表 8.10)
 8.對未知樣品重復步驟 5 和步驟 6, 并與校準值相比較以獲得精確的質量。 9.使用完畢后，用水徹底沖洗 MALDI 板以除去任何可見的晶體，然后再用無棉絨薄紙（例如，Kimwipes 紙）沾甲醇擦拭。
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