治療原則
IBS病因復雜，癥狀較多且易反復，不能單純依靠特定的藥物治療，需按不同個體采用綜合性的全身性治療。
生活和飲食調節
避免誘發因素，飲食選用易消化、少脂肪，禁食刺激性、敏感性食品。對便秘、腹脹者，可適當多吃些富含纖維素，但不易產氣的飲食，避免過食及零食。以腹瀉為主的患者，應少吃含粗纖維的食品。
精神治療
精神狀態與腸道癥狀密切相關。醫務工作者要以同情和負責的態度向病人解釋疾病的性質和注意事項，應解除病人許多疑慮的心態，使其消除恐懼，提高戰勝疾病的信心。必要時應用鎮靜、抗抑郁治療。可用去郁敏50mg， 3次/d，或鹽酸氟西丁（百憂解，Prozae）20mg/d，或用氟哌噻噸/二甲胺丙/二甲胺丙烯（黛安神），每天上午2片，口服，以緩解其精神異常，使腹痛等不適得以緩解。亦可選用阿米替林25mg，2次/d、多塞平25mg，2～3次/d，睡眠差者服地西泮（安定）等。
藥物治療
雖可減輕癥狀，但不能預防復發，故應合理用藥，并避免濫用藥。
（1）腹瀉為主的治療
①抗膽堿能藥：如山莨菪堿（654-2）、貝那替秦（胃復康）等，因不良反應較多漸被其他藥物替代。目前推薦應用美貝維林（麥皮凡林）10mg；雙環維林10mg；吡芬嗅銨（prifiniumbromide） 30mg；口服3次/d。亦有應用西托溴銨（cimetropium bromide）50mg餐前服，取得良好效果。
②鹽酸醋丁洛爾（鹽酸醋丁酰心胺）：具有單一抗運動，無麻醉的抗膽堿能作用，用量為2mg，3～4次/d。亦可用可樂定（氯壓定）0.3～0.4mg，3次/d，口服，能促進小腸對液體物質吸收，增強結腸對電解質的吸收，以減慢小腸的轉運時間，有較好的止瀉效果。
③鈣通道阻滯藥：硝苯地平（心痛定）10～20mg或維拉帕米（異搏定）40mg，3次/d口服，可抑制胃結腸反射，緩解腹痛，減少便次。
④阿片類止瀉劑：洛哌丁胺（易蒙停）作用于腸壁的阿片受體，阻滯乙酰膽堿和前列腺素釋放，抑制腸蠕動，增加水、電解質吸收。每次口服2mg，2～3次/d，每天用量不得超過10mg。便成形后可漸減用量至停藥。有患者出現口干、腹脹，甚至呈假性腸梗阻等副作用。亦有服復方苯乙哌啶，本藥系哌替丁衍生物，除有止瀉效果外，尚有興奮中樞神經作用，大劑量有止痛和欣快感，長期使用有依賴性。
⑤微生態調節劑：是通過微生物學技術，將人體內正常菌群分離出來，經純培養后，進行工業化生產，制成益生菌制品，再按原途徑回歸人體，調整微生態失常，達到防治疾病增強免疫功能作用。微生態調節劑除有益生菌制品（Probiotics）外，尚有益生菌生長促進物質稱益生元（Prebiotcs）。益生菌制劑服后進入腸道，迅速定植于腸道黏膜，并迅速繁殖形成生物學屏障，分解葡萄糖產生乳酸，使腸道pH降低，抑制致病菌的繁殖生長，糾正腸道菌群失調，恢復和維持腸內微生物生態系統穩定，改變腸道運動功能。常益生菌制劑有：
A. 口服雙歧桿菌三聯活菌制三聯活菌制劑（培菲康）：為雙歧桿菌、嗜酸乳桿菌、糞鏈球菌等組成，對抗生素、化療藥物具有抵抗性的乳酸菌制劑，使患者服用抗生素、化療藥后，腸內菌群保持平衡，消除由菌群失調引起的一些癥狀。每次服2～4粒，2～3次/d。
B. 嗜酸乳桿菌（樂托爾）：主含嗜酸乳桿菌及其代謝產物，具有抑制腸道致病菌的生長，阻止細菌、病毒與腸絨毛黏附作用。每次1粒，口服3～4次。
C.聚克通：主要含嗜酸乳桿菌、乳酸乳桿菌、乳鏈球菌3種乳酸菌，對多種抗生素有抵抗性。每次2粒，3次/d。
D.佳士康（gastrferm）主要為活性糞腸球菌，能耐受多種抗生素。每次1～2粒，2～3次/d。
E. 酪酸梭狀芽孢肝菌（米雅BBM）：為宮入菌（酪酸菌）是芽孢厭氧梭狀桿菌，在體內不受胃酸、膽汁等影響，是一體內正常菌群，可阻止有害菌定植，糾正腸內菌群紊亂，每服2片（含宮入菌末40mg），3次/d。此外，尚有雙歧桿菌（麗珠腸樂）、地衣芽孢桿菌（整腸生）、雙歧桿菌（回春生）、乳酸菌素、乳酶生等，均屬此類藥物。
（2）便秘為主的治療
①飲食調整：進食有軟化和擴大糞便容積的食物，如粗纖維多的食物，適量多飲水，定時排便。
②西沙必利（普瑞博思）：通過興奮節前神經元的5-羥色胺4（5-HT4）受體，并作用于腸肌叢神經節細胞使乙酰膽堿釋放，增加胃腸推動力，促進排便。每次5～10mg， 3次/d餐前半小時服。
③乳果糖：口服15ml/d，可增加便次，使糞便變軟，緩解排便困難。但有過敏者應慎用。
④口服甘露醇2～4g，3次/d；或服葡甘聚糖1g，3次/d。
（3）腹痛為主的治療
注意情緒與腹痛的關系，必要時暗示療法或局部熱敷、理療、按摩或封閉。近年報道鈣通道阻滯藥有良好作用，對胃腸平滑肌有松弛作用，尤其對食管及結腸作用為佳，腹痛者可試用硝苯地平（心痛定），及解痙鎮痛藥等。選擇性胃腸道鈣通道抑制劑能解除胃腸道平滑肌痙攣，抑制餐后結腸運動反應。對IBS患者腹痛治療效果較好，對腹瀉和便秘亦有一定療效。常用選擇性鈣通道拮抗藥有匹維溴胺（得舒特）5mg/次，3次/d；雙環維林（雙環胺） 10～20mg/次，3～4次/d；西托溴銨（cimetropitum bromide）50mg/次，3次/d，口服。
（4）激素和肽相關治療
促性腺激素醋酸亮丙瑞亮丙瑞亮丙瑞林（1euprolide acetate）是一種促性腺激素釋放激素促進劑。一些作者發現行經期婦女較易出現IBS癥狀，故可試用此藥。6個月試用發現此藥對IBS患者的腹痛、惡心、嘔吐等癥狀有明顯改善作用。
奧曲肽（Octreotide）為長效人工合成的八肽生長抑素，對其他大多數激素如縮膽囊素及內啡肽都有抑制作用，故可試用于治療IBS，但其價格昂貴。
5-羥色胺在體外對腸運動功能有多種作用，可加強收縮或促使松弛，但在人體內尚未開展研究。
（5）其他
①十六角蒙脫石（思密達）：為天然礦物質，系雙八面體蒙脫石，該藥為層紋狀結構，有很強覆蓋力，對病毒、細菌及毒素有極強的固定、清除力，防止腸上皮細胞損傷，并可吸收腸內氣體，降低腸道的敏感性。本藥不被細胞吸收，不進入血循環，故無毒副作用，可與抗生素、益生菌制劑等并用。十六角蒙脫石（思密達）每袋3g，倒入50ml溫水中攪勻口服，每次服1～2袋；亦用1～3袋混于50～100ml溫水，保留灌腸，1～3次/d。
②促性腺激素醋酸亮丙瑞亮丙瑞亮丙瑞林[leuprolide acetate（1eupron）]：是一促性腺激素釋放激素促進劑。有人用以治療IBS使腹痛、惡心、嘔吐等癥均得以明顯改善。
③鈉鉻銅（naloxone和natrexem）：是一鴉片對抗劑，可使腸蠕動亢進，對便秘的IBS病人應用較好。
④應用調節自主神經藥：如谷維素每次服20～60mg，3次/d；亦可應用泛酸鈣、桂利嗪（肉桂嗪）等。
（6）中醫治療
辨證論治或根據征候選用麻仁滋脾湯、七味白術散等加減，亦可試用健脾益腸丸。有報道針灸治療也有一定療效。