用透射電鏡觀察細胞凋亡可以用于：（1）可清楚地觀察到細胞結構在凋亡不同時期的變化；（2）電鏡形態學觀察是迄今為止判斷凋亡最經典、最可靠的方法, 被認為是確定細胞凋亡的金標準。
| 實驗方法原理 | 細胞凋亡發生時會出現一定的形態學特征，如胞膜有小泡生成，細胞固縮，核質濃縮，染色質凝聚，DNA降解，胞膜最終形成許多凋亡小體，然后被鄰近的巨噬細胞所吞噬。 |
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| 實驗材料 | |
| 試劑、試劑盒 | |
| 儀器、耗材 | |
| 實驗步驟 | 利用光學顯微鏡，借助相應的染色方法，可以觀察細胞凋亡時會出現的一系列形態特征。常用的染色法包括臺盼藍、吖啶橙 / 溴化乙啶（AO/EB）、Giemsa 和 HE 法等。在光學顯微鏡下可以觀察到核固縮、質濃縮和凋亡小體等典型的凋亡現象。 電鏡形態學觀察法是一種比較經典、可靠的方法，被認為是確定細胞凋亡的金標準。電鏡下凋亡細胞表現為染色質凝集、核濃縮、核裂解、胞漿收縮和胞膜具有發泡現象及凋亡小體出現等。 |
| 注意事項 | 形態學方法的不足之處是它只能定性，不能有效的定量，而且判定時難免存在主觀性，故常作為其他檢測方法的基礎。 |
| 其他 | 細胞發生凋亡或壞死，其細胞DNA均發生斷裂，細胞內小分子量DNA片斷增加，高分子DNA減少，胞質內出現DNA片斷。但凋亡細胞DNA斷裂點均有 規律的發生在核小體之間，出現180－200DNA片斷，而壞死細胞的DNA斷裂點為無特征的雜亂斷，利用此特征可以確定群體細胞的死亡，并可與壞死細胞區別。 |